תקופת היאן (Heian) נמשכה בין שנת 794 ועד 1185, והיא חתמה את העידן הקלאסי בהיסטוריה היפנית. השינויים הפוליטיים שהתרחשו בתקופת נארה, ובעיקרם מאבקי כוחות בבירה שנבעו מהתחזקותה של השכבה האריסטוקרטית ושל המנזרים והכתות הבודהיסטיות, הובילו את הקיסר קאמו (Kammu) לבטל את מעמדה של נארה כעיר בירה. היה צורך בהפרדה בין המרכז השלטוני ובין הכוחות החזקים שאיימו לערער את יציבותו. תחת החלטתו, הבירה עברה באופן זמני לנגאוקה (Nagaoka) הסמוכה. לאחר עשר שנים, בשנת 794, עברה שוב הבירה והפעם באופן קבוע לעיר היאן-קיו (Heian-kyo) – "בירת השלום והרוגע" - שהיא קיוטו של ימינו. ביסוס עיר הבירה בהיאן-קיו היה האות לתחילתה של תקופה חדשה בהיסטוריה היפנית. גם בתקופה זו, כבזו הקודמת, תפקידיו של הקיסר היפני נותרו משניים וטקסיים בלבד. בפועל, מי ששלט במתרחש במדינה היו בני משפחת פוג'יווארה (Fujiwara) העוצמתית, אשר דאגו לשמר את כוחם על ידי יצירת קשרי נישואין בין בנות המשפחה ובין בני השושלת הקיסרית, שהיו עתידים להפוך לקיסרים בעצמם. למעשה, במשך מרבית התקופה הוכתרו כקיסרים ילדים קטנים, שנשלטו באופן ישיר על ידי סבם – העוצר מבית משפחת פוג'יווארה.
בדומה לנארה העתיקה, גם היאן-קיו תוכננה ונבנתה בהשראת המודל הסיני לתכנון ולבניית ערים, וביתר ספציפיות על פי הדגם של צ'אנג-אן שהייתה בירת שושלת טאנג הסינית. הארמון הקיסרי נבנה בחלקה הצפוני-מרכזי של העיר, וממנו נמתחה דרומה השדרה הראשית שחילקה את העיר ל"בירה ימנית" ול"בירה שמאלית". הארכיטקטורה התבססה על עקרונות הבניה הסיניים, ומבנים ציבוריים רבים נבנו בכל רחבי העיר. בתחילה, לא הותרה בנייתם של מקדשים בודהיסטיים חדשים במרכז העיר, כדי למנוע את הישנותה של צבירת כוח רב מדי בידי הנזירים בעיר הבירה.
תוכנית עיר הבירה היאן-קיו, כפי ששוחזרה באמצע המאה ה-18
תהליכי הקיטוב הכלכלי והחברתי שהתחילו בתקופת נארה הלכו וצברו תאוצה גם בהיאן. לכך תרם במיוחד ביטול המדיניות הקשורה בחלוקת שטחים ציבוריים לעיבוד חקלאי. ברפורמות עבר, נקבע כי כל השטחים החקלאיים היו שייכים באופן רשמי למדינה, והם הוקצו לעיבוד חקלאי על פי דרישה. החל מהמאה ה-10, יכלו אנשים להתחיל לרכוש אדמות ולהפכן לשטח פרטי – נחלות שכונו שואן (Shoen). גם מקדשים בודהיסטיים יכלו מעתה להחזיק בקרקע פרטית. תחת אצטלות שונות, חלקן דתיות, רבים מבעלי הנחלות היו פטורים מתשלום מיסים, מה שגרם לבעיות פיננסיות חמורות בממשל ולהגדלת הפערים החברתיים בין המעמדות השונים. רבים מבעלי הנחלות כלל לא חיו בהן. על פי רוב הם הפקידו את ניהול העבודה על הקרקע ואת גביית המיסים על מנהיגים מקומיים, ועברו לחיות בפאר בעיר הבירה.
כתוצאה מכך, הלכה והתפתחה ביפן מעמדה חברתית חדשה – אצולה זוטרה. בני מעמד זה שלטו באופן ישיר בנחלות המרוחקות, וניהלו אותה תוך שהם מבססים צבאות סמוראים עוצמתיים. ברבות הימים התפצלו שליטי הנחלות וצבאותיהם לשני מרכזי כוח עיקריים ומנוגדים: שבט מינאמוטו (Minamoto) ושבט טאירה (Taira), שנקראים גם גנג'י (Genji) והייקה (Heike) בהתאמה. כשחילוקי דעות פנימיים נתגלעו בתוך שבט פוג'יווארה השולט, ניצלו מינאמוטו וטאירה את ההזדמנות ושעטו אל הבירה כדי ללבות את הלהבות ולנסות ולזכות בכס השלטון. בתום מאבקים ממושכים, היה זה שבט טאירה שיצא כשידו על העליונה. השלטון עבר לידיהם, אך לא לזמן רב: בתום שני עשורים שבט מינאמוטו קיבץ את צבאו ויצא למלחמה בת 5 שנים באזור קיוטו – מלחמת גמפיי (Gempei) - שבסופה נחטף השלטון מידי טאירה. מנהיג שבט מינאמוטו, יוריטומו (Yoritomo), הוכתר על ידי הקיסר כשוגון (Shogun) – מנהיג צבאי עליון. הוא לקח את צבאו ועבר לעיר קמאקורה, שם ישלוט בפועל על יפן כדיקטטור צבאי במשך 150 השנים הבאות.
חברת היאן קידשה יופי, אלגנטיות ואופנה. היכולת להעריך אסתטיקה ולהיות רגיש ליופים של הטבע, של השירה ושל האמנות, נחשבה לתכונת אופי עליונה, ואנשים נשפטו במידה רבה על פי טעמם האסתטי. נשים וגברים גם יחד טיפחו את עצמם בתשומת לב. גברים גידלו זקנקנים ושפמים קטנים ומחודדים, ונשים האריכו את שיערן ככל שיכלו. אולי הדבר ישמע לנו מוזר היום, אך שיניים לבנות באותה עת נחשבו לסממן לא מושך. לפיכך, רווח מנהג השחרת השיניים, במיוחד בקרב נשים. נשים נהגו גם לפדר את פניהן בלבן, להוסיף סומק קל על הלחיים ולצבוע פה קטן ואדום. גילוח הגבות וציורן מחדש גבוה יותר על המצח, גם כן היה פרקטיקה נפוצה מאוד בקרב נשות החצר.
תקופת היאן ידועה גם בפריחה התרבותית הפנומנלית שהתרחשה במהלכה, במיוחד בספרות ובשירה. פריחה זו התאפשרה במידה רבה בזכות תחילת השימוש באותיות קאנה (Kana). מדובר במערכת כתב הברות פונטי, בה כל אות מסמלת עיצור והברה מחוברים, בניגוד למערכת הקאנג׳י - שדרשה שינון אינסופי של סימניות סיניות מסובכות המסמלות מילים שלמות. יצירתה והטמעתה של שיטה פשוטה יותר הפכה את השפה הכתובה לנגישה בהרבה, במיוחד בעבור נשות חצר היאן שקפצו על ההזדמנות ופיתחו סוגות ספרותיות חדשות משלהן. בכתביהן, נשים תיעדו את עבודתן וחייהן בחצר הקיסרית, ואת סיפורי האהבה, הבגידה והעצב אותם חוו. למעשה, אחד מהרומנים הראשונים בעולם התפרסם ביפן בסביבות שנת 1,000 לספירה על ידי אישה - מוראסאקי שיקיבו (Murasaki Shikibu) שמה. שיקיבו הייתה העוזרת האישית של אחת מהנשים האצילות שחיו במתחם הארמון הקיסרי. הרומן שכתבה - ״עלילות גנג׳י״ - מתאר בצורה פיקטיבית אך מדויקת למדי את אורחות החיים של האריסטוקרטיה בקיוטו במאה ה-11. סיי שונאגון (Sei Shonagon) הייתה אשת חצר נוספת שניהלה יומנים מפורטים על חייה, ופירסמה אותם תחת השם ״ספר הכרית״ בשנת 1002.